《合金装备：原爆点》是故事的序章，它发生在《幻痛》之前9年，这两部作品共同构成了完整的《合金装备5》。《幻痛》是主要部分，相对来说内容更多，而《原爆点》的时间则设定在《和平行者》结束以后。这支军队的领袖是神秘的男子“Snake”，以地下形式秘密活动。他们是一群精英雇佣兵，为世界上的许多国家提供服务。随着他们的名声水涨船高，他们的资金和力量也开始逐渐膨胀。