《孤岛危机3》故事发生在上作《孤岛危机2》之后，纽约已经包裹在Nanodome当中的城市，成为热带雨林，长满树木，茂密的沼泽地和湍急的河流，其中分成为七个不同的和变化莫测的环境，《孤岛危机2》当中的先知，研发出一个致命的复合弓箭，增强的纳米服和毁灭性的外来高科技，成为这个星球上最致命的猎人。
